Le 10 août 2010 du calendrier impérial, l'empire sacré de
Britannia écrase les forces japonaises et conquiert le pays en moins
d'un mois grâce à leur nouveaux mechas nommés Knightmare. Dans la défaite, le Japon perdit son indépendance et fut renommé Area 11. Les japonais quant à eux perdirent tous leurs droits et leur identité nationale, renommés Eleven.
Ils furent déplacés dans des ghettos, cédant la majeure part du
territoire aux colons britanniens. Pourtant des mouvements rebelles
naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour
l'indépendance.
Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de
Britannia depuis que son père, l'empereur de Britannia lui-même, ne fit
rien pour pourchasser les responsables de l'attentat qui coûta la vie
à sa mère et qui mutila sa jeune sœur.
Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre un groupe de
rebelles Elevens et l'armée britannienne, il découvre un secret
militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec
elle, Lelouch obtient le Geass, le « pouvoir de l'obéissance absolue »
qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son
regard. Ce pouvoir est cependant limité par le fait qu'il n'est
possible de donner qu'un seul et unique ordre à une personne. Grâce à ce
pouvoir, Lelouch va pouvoir mener son combat tant voulu contre
Britannia afin de réaliser ses deux rêves : venger sa mère et créer un
monde où sa sœur pourra vivre en paix.
Un an après la Black Rebellion engendrée par l'Ordre des Chevaliers
Noirs, la mort de Zero est une évidence dans les esprits. Les Japonais
n'ont plus d'espoir de sauver leur patrie mais se raccrochent quand
même à l'espoir du retour de Zero. Les membres de l'OdCN ont été
capturés par l'armée de Britannia et le nouveau Gouverneur de la Zone
11 se nomme Cararès.
Tout semble être redevenu "normal", comme avant l'arrivée de Zero.
Mais les choses tournèrent autrement Britannia en constante recherche
de C.C., celle-ci se montra avec les derniers membres non capturés de
l'OdCN en prenant d'assaut la Tour de Babel, une tout très populaire
pour ses spectacles et casinos. Et au cœur de cet assaut se trouva
malencontreusement un jeune étudiant, se nommant Lelouch Lamperouge qui
évita à tout prix les terroristes, et cherchant désespérément dans les
décombres de la tour son jeune frère Rollo...
Lelouch est devenu empereur, Suzaku son Knight, tout pourrait se passer
comme prévu, mais C.C disparut lorsqu'elle fut retrouvée, certains
chercheurs constatèrent des brèches dans la ligne du temps, ainsi Euphie
revint à la vie, tout comme les ennemies, et les amis de Lelouch.